序卷上全论大法第一六经正义第二合并启微第三风寒辨惑第四温暑指归第五湿异同第六平脉准绳第七卷下大阳病解第一阳明病解第二少阳病解第三太阴病解第四少阴病解第五厥阴病解第六制方大法第七
绪言卷一摄生第一阴阳第二脏象上第三脏象下第三卷二脉色上第四脉色下第四经络上第五卷三经络下第五标本第六气味第七论治第八卷四疾病第九病机邪气阴阳卷四疾病第十经脏虚实时令卷五疾病第十一五气情志风厥伤寒卷五疾
巢氏诸病源候总论
十四经发挥
黄庭内景五藏六府图
简介序叙卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十卷十一卷十二卷十三卷十四卷十五卷十六卷十七卷十八卷十九卷二十卷二十一跋
卷一四诊总括察色听声审病切脉虎口三关部位脉纹形色初生门（上）拭口（附下胎毒法）断脐浴儿藏胎衣法天德月空剃头不啼不乳眼不开吐不止不小便不大便大小便不通肛门内合噤口撮口脐湿脐疮脐突脐风天钓内钓盘肠气痛卷二
茧唇一口疮二齿痛三舌症四喉痹诸症五喉痛六诸骨稻谷发鲠七治诸鲠咒法八误吞水蛭九诸虫入耳十蛇入七窍及虫咬伤十一男女体气十二附方并注
《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄
序卷一跌打损伤小引看伤有治无治之论秘传下手口诀治周身口诀损伤秘传口诀秘传接骨口诀效方开后秘传要旨总论秘传损方药名十二咏卷二总论卷三跌打水药歌观音针（一点一针）雷火针九龙针太乙救苦针又麻药方附录经验杂方