序一序二自序跋凡例太极图（图缺）命门水火图（图缺）五气图（图缺）卷之一医论命门水火图说五气图说论膀胱者州都之官津液藏焉气化则能出矣论补脾补肾治血贵静广嗣方论论诸痿胃气当察辨利痢脉病之殊治病求本驳诸家痨
吴序尤序薛序卷上卷下纳音释义静观居士云游疏
巢氏诸病源候总论
序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
金匮要略金匮要略方论序卷上 藏府经络先后病脉证第一卷上 痉湿喝病脉证第二卷上 百合狐惑阴阳毒病证治第三卷上 疟病脉证并治第四卷上 中风历节病脉证并治第五卷上 血痹虚劳病脉证并治第六卷上 肺痿肺痈咳嗽上
推篷寤语
卷一四诊总括察色听声审病切脉虎口三关部位脉纹形色初生门（上）拭口（附下胎毒法）断脐浴儿藏胎衣法天德月空剃头不啼不乳眼不开吐不止不小便不大便大小便不通肛门内合噤口撮口脐湿脐疮脐突脐风天钓内钓盘肠气痛卷二
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
前言卷第一摄生之一（佚）卷第二摄生之二（卷末缺）顺养六气九气调食寿限卷第三阴阳阴阳大论调阴阳阴阳杂说卷第四（佚）卷第五（卷首缺）人合阴阳合四海合十二水卷第六（卷首缺）脏腑之一五脏命分脏腑应候脏腑气液卷
序自序自序杂症大小合参凡例（小引）杂症大小合参凡例痘疹全集凡例杂症痘疹药性主治合参凡例杂症大小合参卷首上 内经纂要上古天真论篇四气调神大论篇生气通天论篇金匮真言论篇阴阳应象大论篇阴阳离合论篇阴阳别论